مدرسه علمیه حضرت خدیجه (سلام الله علیها) با هدف دانش افزایی دینی بانوان و توانمندسازی آنها در امر تبلیغ دین و تدریس در سال 1373 توسط مرحومه سرکار خانم مهری برزگر(مشهور به ضابطیان) تأسیس و با پذیرش 70 طلبه فعالیت خود را آغاز نمود. این مرکز علمی تا سال 1379 تحت نظارت مرکز مدیریت حوزه علمیه قم قرار داشت و پس از آن تحت نظارت مرکز مدیریت حوزه علمیه خراسان و با مدیریت سرکار خانم بیک خورمیزی(نیک) به فعالیت خود ادامه داد.

فعالیت های این مدرسه در راستای تربیت مبلغین و مدرسین مبرّز در علوم دینی بوده و در حال حاضر بخش های آموزش -پژوهش  و فرهنگی و واحد تحقیقات در راستای خدمت به 110 طلبه مشغول در پایه های اول تا پنجم و در حال تنظیم تحقیق پایانی فعال می باشد. لازم به ذکر است بیش از نیمی از طلاب و اساتید و کادر، دارای تحصیلات کارشناسی و کارشناسی ارشد بوده و در دوره نظام جامع مشغول به تحصیل می باشند.

لازم به ذکر است، تحصیلات تکمیلی (سطح3) این مدرسه از شهریور 1396 افتتاح گردید و طلاب در رشته تفسیر و علوم قرآنی مشغول به ادامه تحصیل می باشند.