مدرسه علمیه حضرت خدیجه (سلام الله علیها) با هدف دانش افزایی دینی بانوان و توانمندسازی آنها در امر تبلیغ دین و تدریس در سال 1373 توسط مرحومه سرکار خانم مهری برزگر(مشهور به ضابطیان) تأسیس و با پذیرش 70 طلبه فعالیت خود را آغاز نمود. این مرکز علمی تا سال 1379 تحت نظارت مرکز مدیریت حوزه علمیه قم قرار داشت و پس از آن تحت نظارت مرکز مدیریت حوزه علمیه خراسان و با مدیریت سرکار خانم بیک خورمیزی(نیک) به فعالیت خود ادامه داد.

مدرسه علمیه حضرت خدیجه (س) با دارا بودن سه بخش فعال آموزش، پژوهش و فرهنگی، زمینه رشد و ارتقای علمی و معنوی طلاب را فراهم کرده است.
این مدرسه با اجرای دوره‌های تحصیلی سطح دو و تحصیلات تکمیلی سطح سه در رشته‌ «تبلیغ با گرایش ارتباطات بین‌الملل» به‌صورت حضوری و مجازی، در مسیر تربیت بانوان عالم، پژوهشگر و توانمند در عرصه تبلیغ دین گام برمی‌دارد.

شایان ذکر است، رشته تبلیغ با گرایش ارتباطات بین‌الملل برای نخستین‌بار در میان مدارس علمیه خواهران در این مرکز راه‌اندازی شده است.