مدرسه علمیه حضرت خدیجه (سلام الله علیها) با هدف دانش افزایی دینی بانوان و توانمندسازی آنها در امر تبلیغ دین و تدریس در سال 1373 توسط مرحومه سرکار خانم مهری برزگر(مشهور به ضابطیان) تأسیس و با پذیرش 70 طلبه فعالیت خود را آغاز نمود. این مرکز علمی تا سال 1379 تحت نظارت مرکز مدیریت حوزه علمیه قم قرار داشت و پس از آن تحت نظارت مرکز مدیریت حوزه علمیه خراسان و با مدیریت سرکار خانم بیک خورمیزی(نیک) به فعالیت خود ادامه داد. همچنین مجوز تحصیلات تکمیلی(سطح3) در سال تحصیلی 97-96 به مدرسه اعطا شد و هم اکنون طلاب در رشته علوم قرآن و تفسیر در حال تحصیل می باشند.

فعالیت های این مدرسه در راستای تربیت مبلغین و مدرسین  و پژوهشگران مبرّز در علوم دینی بوده و در حال حاضر بخش های آموزش -پژوهش و فرهنگی و واحد تحقیقات در راستای خدمت به 180 طلبه مشغول به تحصیل در  سطح 2 و سطح 3 و همچنین در حال تنظیم تحقیق پایانی فعال می باشد.

لازم به ذکر است  اساتید و کادر این مدرسه، دارای تحصیلات کارشناسی و کارشناسی ارشد و دکترا بوده و 70% طلاب نیز دارای تحصیلات کارشناسی و کارشناسی ارشد می باشند که اکنون در دوره های عمومی و تخصصی مشغول به تحصیل هستند.